Peptidase

.Peptidasen (Kurzform von Peptidbindungshydrolasen) sind Enzyme, die Proteine oder Peptide spalten können. Dabei katalysieren sie die Hydrolyse von Peptidbindungen. Peptidasen werden häufig auch, insbesondere wenn größere Proteine gespalten werden, als Proteasen, Proteinasen oder proteolytische Enzyme bezeichnet.

Vorkommen und Funktion

Peptidasen sind ubiquitär, d. h., sie kommen in allen Geweben und Zellen aller Organismen vor. Man unterscheidet intrazelluläre und extrazelluläre Peptidasen.

Intrazelluläre Peptidasen übernehmen in zahlreichen Zellkompartimenten verschiedenste Aufgaben. So beteiligen sie sich an der posttranslationalen Regulation des Proteingehalts der Zelle:

• Proteine, so auch Peptidasen selbst, werden nach ihrer Herstellung (siehe Proteinbiosynthese) durch Abspaltung von Peptidfragmenten (limitierte Proteolyse) in den aktiven Zustand überführt.
• Signalpeptidasen spalten Signalpeptide von Proteinen ab und stellen so sicher, dass intrazellulär synthetisierte Proteine an ihren richtigen Einsatzort weiter geleitet werden.
• Peptidasen sind an der Prozessierung von Antigenen beteiligt. Eine wichtige Rolle spielt hier ein großer, aus mehreren Untereinheiten bestehender Peptidasekomplex, das so genannte Proteasom.
• Werden Proteine nicht mehr gebraucht oder sind sie beschädigt, werden sie von Peptidasen in den Lysosomen abgebaut. Alle eukaryotischen Zellen haben zusätzlich ein ATP-abhängiges proteolytisches System, das im Cytosol lokalisiert ist.

Extrazelluläre, sezernierte Peptidasen findet man bei tierischen Organismen vor allem im Verdauungstrakt, wo sie die hydrolytische Spaltung von Nahrungsmitteln katalysieren. Sie werden aber auch in anderen extrazellulären Flüssigkeiten gefunden, wo sie zum Teil hoch spezifische Aufgaben übernehmen, wie zum Beispiel die Peptidasen des Blutgerinnungssystems, des Komplementsystems und des fibrinolytischen Systems.

Durch Peptidaseinhibitoren, niedermolekulare Substanzen wie z. B. Pepstatin, Iodacetat oder Phenanthrolin, lassen sich Peptidasen in ihrer Funktion hemmen.

Bedeutung der Peptidasen bei der Tumorbildung

Peptidasen spielen eine wichtige Rolle bei der Metastasierung maligner Tumoren. Für die Entstehung von Metastasen bösartiger solider Tumoren ist es notwendig, dass Tumorzellen die Basalmembran, bestehend aus Kollagen (Typ IV), Laminin und Heparinsulfatproteoglykanen, durchwandern. Für deren Überwindung spielen Peptidasen wie die Serinproteinasen, Cathepsin-Proteinasen und Matrixmetalloproteinasen eine essentielle Rolle.

Klassifikation von Peptidasen

EC-Nomenklatur

Peptidasen werden, wie alle anderen Enzyme auch, mit Hilfe der so genannten EC-Systematik in Gruppen eingeteilt. Peptidasen gehören zur Klasse 3 der Hydrolasen und bilden dort die Unterklasse 3.4. Diese ist wiederum in 14 Unter-Unterklassen unterteilt. Grundlage dieser Nomenklatur ist die Art der katalysierten Reaktion sowie des aktiven Zentrums.
 

Unter-Unterklasse	Peptidase-Typ	Anzahl der Einträge
3.4.11	Aminopeptidasen	20
3.4.13	Dipeptidasen	11
3.4.14	Dipeptidyl-Peptidasen	8
3.4.15	Peptidyl-Dipeptidasen	3
3.4.16	Serin-Carboxypeptidasen	4
3.4.17	Metallocarboxypeptidasen	19
3.4.18	Cystein-Carboxypeptidasen	1
3.4.19	Omegapeptidasen	11
3.4.21	Serin-Endopeptidasen	77
3.4.22	Cystein-Endopeptidasen	28
3.4.23	Aspartat-Endopeptidasen	34
3.4.24	Metalloendopeptidasen	70
3.4.25	Threonin-Endopeptidasen	1
3.4.99	Endopeptidasen unbekannten Typs	0
	Gesamtanzahl	287

 

Art der katalysierten proteolytischen Reaktion

Da Enzyme unterschiedlichste chemische Reaktionen katalysieren können, ist es folgerichtig sinnvoll, sie anhand dieser Reaktionen zu klassifizieren. Eine erste Einteilung der Peptidasen unter enzymologischen Gesichtspunkten ist die in Exopeptidasen und Endopeptidasen.

Exopeptidasen spalten die Polypeptidkette von den Enden her. Diejenigen, die am N-Terminus agieren, werden je nach abgespaltenem Fragment als Aminopeptidasen (Abspaltung einer einzelnen Aminosäure), Dipeptidyl-Peptidasen (Freisetzung eines Dipeptids) oder Tripeptidyl-Peptidasen (Freisetzung eins Tripeptids) bezeichnet. Am C-Terminus agierende Exopeptidasen setzen einzelne Aminosäuren (Carboxypeptidasen) oder Dipeptide (Peptidyl-Dipeptidasen) frei. Darüber hinaus gibt es Exopeptidasen, die spezifisch Dipeptide spalten (Dipeptidasen) oder endständige substituierte, zyklisierte oder über Isopeptidbindungen verknüpfte Aminosäuren entfernen können (Omega-Peptidasen).

Endopeptidasen spalten meist an sehr spezifischen Stellen innerhalb der Polypeptidkette. Eine zufriedenstellende Klassifizierung anhand der Spezifität ist nicht möglich. Deshalb erfolgt hier die Unterteilung auf Basis des aktiven Zentrums (siehe unten). Die Länge der zu spaltenden Polypeptidkette kann bei Endopeptidasen in einem weiten Bereich variieren. Meist sind Proteine die Substrate. Es gibt jedoch auch eine Untergruppe von Endopeptidasen, die auf kürzere Peptide als Substrat spezialisiert sind (Oligopeptidasen).

Art des aktiven Zentrums (MEROPS)

Die Unterteilung der Peptidasen nach dem EC-System weist Schwächen auf. So werden die zahlreichen Endopeptidasen durch nur sechs Unter-Unterklassen repräsentiert. Verschiedenartige Peptidasen finden sich dabei in der gleichen Gruppe wieder. Der gravierendste Nachteil ist jedoch, dass strukturelle, evolutionäre Gemeinsamkeiten zwischen den einzelnen Enzymen nicht beachtet werden.

Dazu wurde 1993 von Neil D. Rawlings und Alan J. Barett ein neues Klassifikationsschema, genannt MEROPS, eingeführt, das strukturelle Aspekte sowie evolutionäre Verwandtschaftsbeziehungen auf Basis der Aminosäuresequenz berücksichtigt.

Peptidasen haben, wie alle Enzyme, ein aktives Zentrum, das die jeweilige Reaktion – in diesem Fall die Hydrolyse von Peptidbindungen – ermöglicht. Innerhalb dieser Zentren sind einige bzw. Gruppen von Aminosäuren von entscheidender Bedeutung für die Funktionalität. Daher werden Peptidasen in der MEROPS-Datenbank anhand der chemischen Beschaffenheit ihrer katalytischen, aktiven Zentren in sechs Gruppen klassifiziert (siehe nachfolgende Tabelle):

Funktionelle Aminosäure bzw. aktives Zentrum	Hauptartikel	Beispiel	Inhibitor
A Asparaginsäure	Aspartylproteasen	Pepsin, Chymosin, Cathepsin E	Pepstatin
C Cystein	Cysteinproteasen	Papain, Cathepsin K, Caspase, Calpain	Iodacetat, Iodacetamid, Z-Phe-Phe-diazomethylketon
G Glutaminsäure		Scytalidoglutamische Peptidase	1,2-Epoxy-3-(p-nitrophenoxy)propan (EPNP)
M Metallo (Metallkomplex)	Metalloproteasen	Thermolysin, Kollagenasen (bei Wirbeltieren), Carboxypeptidase A u. B	EDTA, 1,10-Phenanthrolin
S Serin	Serinproteasen	Chymotrypsin, Plasmin, Thrombin, Trypsin, Granzyme, Kallikrein	APMSF, PMSF, AEBSF, Aprotinin, Diisopropylfluorphosphat, α-1-Antitrypsin
T Threonin	Threonylproteasen	Proteasom	(Lactacystin)
U Unbekannt		gpr-Endopeptidase, Prepilin Typ IV Peptidase	keiner der oben genannten

Peptidasen in der Übersicht

Akrosin, Aminopeptidase B, Bromelain, Calpain I, Carboxypeptidase A, Cathepsin A, Cathepsin B, Cathepsin D, Cathepsin E, Cathepsin K, Chymotrypsin, Collagenase, Dipeptidylpeptidase 4, Dispase, Elastase, Faktor IIa, Faktor Xa, Ficin, gpr-Endopeptidase, HIV-Protease, Kallikrein, MBTPS1, Papain, Pepsin, Plasmin, Prepilin Typ IV Peptidase, Prolyl-Oligopeptidase, Proteinase K, Proteasom, Renin, Sekretasen (Alpha-, Beta- und Gamma-Sekretase), Thermolysin, Thrombin, Trypsin, Urokinase

Siehe auch

• Azocaseintest
• Renin-Angiotensin-Aldosteron-System

Weblinks

• Peptidase Nomenclature (englisch)
• MEROPS - the peptidase database (englisch)